Von 1971 bis 2005 war Rainer Mehlig der erste hauptamtliche Bundesgeschäftsführer des Verbandes deutscher Musikschulen (VdM). In dieser Zeit wuchs der Fach- und Trägerverband der öffentlichen Musikschulen in Deutschland von weniger als 300 auf über 930 Mitgliedschulen an.

Für seine jahrzehntelangen herausragenden persönlichen Leistungen und Verdienste um die kulturelle Bildung, insbesondere die musikalische Erziehung von Kindern und Jugendlichen, wurde Rainer Mehlig 2002 mit dem Bundesverdienstkreuz ausgezeichnet. Der VdM ernannte ihn 2005 zu seinem Ehrenmitglied.

Zusammen mit dem damaligen VdM-Vorsitzenden und Bonner Musikschuldirektor Diethard Wucher baute Rainer Mehlig eine professionelle Verbandsarbeit auf und übernahm damit tragende Verantwortung für alle Musikschulen in Deutschland. 1971 organisierte und führte er auch den ersten Musikschulkongress des VdM in Berlin durch, der seitdem als einer der größten Bildungskongresse alle zwei Jahre in wechselnden Städten Deutschlands stattfindet.

1973 Mitinitiator der Europäischen Musikschul-Union (EMU) und bis 1977 deren ehrenamtlicher Generalsekretär, vertrat Rainer Mehlig bis 2005 als Delegierter des VdM die Interessen der öffentlichen Musikschulen in Deutschland bei der EMU. 1985 erstellte er als organisatorischer Leiter die Konzeption für das erste „Europäische Musikfest der Jugend“ in München, an dem 9.000 junge Menschen aus 23 europäischen Ländern und Gäste aus den USA teilnahmen.

In den 34 Jahren als Bundesgeschäftsführer des VdM trug Rainer Mehlig maßgeblich zur Sicherung der öffentlichen Musikschulen und zum Aufbau weiterer Musikschulen bei, beriet Musikschulträger, entwickelte Fortbildungsprogramme wie etwa den Berufsbegleitenden Lehrgang „Führung und Leitung einer Musikschule“ und die Richtlinien zur Einführung der Studienvorbereitenden Ausbildung an Musikschulen. Ebenso war er für das damals bahnbrechende Curriculum „Musikalische Früherziehung“  und zahlreiche Modellversuche wie „Gruppenunterricht“, „Arbeit mit Behinderten“, „Interkulturelles Lernen“ oder „Musikalische Erwachsenenbildung“ verantwortlich.

Während seiner Amtsführung wurde der Medienpreis LEOPOLD – „Gute Musik für Kinder“ ins Leben gerufen, der seit 1997 alle zwei Jahre zusammen mit dem Bundesjugendministerium verliehen wird, sowie das Qualitätsmanagement an Musikschulen mit dem „Qualitätssystem Musikschulen – QsM“ und dem „Interkommunalen Leistungsvergleich EDuR“ vorangetrieben. Unter Rainer Mehligs Leitung wurde der VdM zudem internationale Zentralstelle für das Bundesjugendministerium und fördert seitdem mit Globalmitteln aus dem Kinder- und Jugendplan den internationalen Jugendaustausch von Musikschulensembles.

Mit großem Einsatz unterstütze Rainer Mehlig 1990 zusammen mit Diethard Wucher und dem ihm nachfolgenden VdM-Vorsitzenden, Reinhart von Gutzeit, die DDR-Musikschulen bei der Gründung des Verbandes der Musikschulen der DDR. Unter Führung ihres Vorsitzenden Ulrich Marckardt traten im selben Jahr die DDR-Musikschulen dem VdM bei, vereinigt zu einem gesamtdeutschen Verband.

Im Zuge der Wiedervereinigung übernahm der VdM 1991 die Trägerschaft des „Rundfunk-Musikschulorchesters“ der ehemaligen DDR als „Deutsches Musikschulorchester“, die heutige Deutsche Streicherphilharmonie. Dieses jüngste Bundesauswahlorchester und Spitzenensemble der Musikschulen, das ihn zu seinem Ehrenmitglied ernannt hatte, war Rainer Mehlig immer ein großes Anliegen. Bis zuletzt blieb er den jungen Musikerinnen und Musikern auch im Förderverein der Deutschen Streicherphilharmonie eng verbunden.

Daneben engagierte sich Rainer Mehlig im Vorstand der Bundesvereinigung Kulturelle Jugendbildung, im Trägerverein der Akademie Remscheid und mehr als zwei Jahrzehnte im Hauptausschuss „Jugend musiziert“ sowie als Juryvorsitzender ebenso wie im Hauptausschuss „Deutscher Chorwettbewerb“ des Deutschen Musikrates.

Im Zentrum seines Engagements stand für Rainer Mehlig immer, das Netzwerk des Verbandes und des Musiklebens zu pflegen, national und international die Musikschulen zu präsentieren und unermüdlich für diese Idee zu werben und einzutreten.